儒学在历史上也多次遭受严重冲击，不过在历经多种冲击、浩劫乃至官方政权试图彻底铲除儒家思想之后，儒家思想依然是中国社会一般民众的核心价值观。

儒家思想以传统封建社会为物质承担者，而传统封建社会以儒家思想为精神承担者，传统社会的瓦解，致使孔子圣人权威丧失。当中国被西方列强的坚船利炮轰开国门时，近代便开始了大规模的反孔运动，经历了太平天国的农民起义、资产阶级革命派的辛亥革命以及达到高潮的“五四”新文化运动。

一百年前，时人发愤于国之积弱，诟龟呼天。一批深受西学影响又急欲救亡图强的进步青年，以胡适、陈独秀为主将，发起了一场中国近代以来“反孔非儒”的高潮"——五四运动"。他们抱着"打倒孔家店"的决绝姿态，否定了作为中华两千多年文化主流的儒学。

在"五四运动"发起后，其间又遭"文化大革命"最后一劫，使儒学历经严重挫折。